چگونه ORF و آداپتورها در ساخت کتابخانه های مبتنی بر CRISPR استفاده می شوند؟

فناوری CRISPR (خوشه بندی شده به طور مرتب در حال تکرار پالندرومیک کوتاه) ، فناوری مهندسی ژنتیک را متحول کرده است و ابزاری قدرتمند برای ویرایش ژنوم ، تنظیم ژن و مطالعات ژنومیک عملکردی ارائه می دهد. ساخت کتابخانه های مبتنی بر CRISPR یک گام مهم در صفحه های ژنتیکی مقیاس بزرگ است و محققان را قادر می سازد تا عملکرد ژن را بطور منظم در کل ژنوم بازجویی کنند. در این وبلاگ ، ما بررسی خواهیم کرد که چگونه قاب های خواندن باز (ORF) و آداپتورها در ساخت کتابخانه های مبتنی بر CRISPR استفاده می شوند و همچنین پیشنهادات ما را به عنوان تأمین کننده ORFS و آداپتور معرفی می کنیم.

درک ORF در ساخت کتابخانه مبتنی بر CRISPR

فریم های خواندن باز (ORF) بخش هایی از دنباله DNA ژن هستند که می توانند به پروتئین ها ترجمه شوند. در زمینه ساخت و ساز کتابخانه مبتنی بر CRISPR ، ORF ها نقش مهمی در صفحه های افزایش (عملکرد (GOF) دارند. این صفحه نمایش ها با هدف شناسایی ژنهایی که در صورت بیان بیش از حد ، یک فنوتیپ خاص مانند افزایش تکثیر سلولی ، مقاومت در برابر یک دارو یا مورفولوژی سلول تغییر یافته را ارائه می دهند.

برای ساخت یک کتابخانه GOF مبتنی بر CRISPR ، ORF ها ابتدا از یک کتابخانه cDNA جدا شده یا به صورت نوو سنتز می شوند. سپس ORF ها در یک بردار مناسب ، غالباً یک بردار عدسی یا ویروسی کلون می شوند ، که می تواند به طور مؤثر مواد ژنتیکی را به سلولهای هدف منتقل کند. این بردار حاوی عناصر نظارتی ، مانند پروموتر ، برای بیان بیان ORF درج شده است.

فرآیند کلونینگ ORF در وکتور به طور معمول شامل هضم آنزیم و بستن آنزیم محدود می شود. ORF با آنزیم های محدود کننده خاص هضم می شود ، که با وکتور هضم شده انتهای سازگار ایجاد می کنند. دو قطعه DNA سپس با استفاده از DNA لیگاز با هم پیوند می خورند و یک پلاسمید نوترکیب تشکیل می دهند. این پلاسمید را می توان بیشتر در باکتریها تقویت کرد و سپس برای تحویل به سلول ها در ذرات ویروسی بسته بندی شد.

هنگامی که بردارهای حاوی ORF به سلول معرفی می شوند ، ORF ها رونویسی می شوند و به پروتئین ها ترجمه می شوند. محققان با غربالگری تعداد زیادی از سلول های بیان ORF های مختلف ، می توانند ژنهایی را که با فنوتیپ مورد نظر همراه هستند ، شناسایی کنند. این روش برای کشف درایورهای جدید سرطان ، ژنهای درگیر در پاسخ های ایمنی و تنظیم کننده های تمایز سلول های بنیادی استفاده شده است.

نقش آداپتورها در ساخت کتابخانه مبتنی بر CRISPR

آداپتورها توالی های DNA کوتاه هستند که برای اصلاح قطعات DNA در طول ساخت کتابخانه استفاده می شوند. در زمینه کتابخانه های مبتنی بر CRISPR ، آداپتورها چندین کارکرد مهم را ارائه می دهند.

1. آداپتورهای پیوند دهنده برای کلونینگ

هنگام کلون کردن ORF یا سایر قطعات DNA در یک بردار ، می توان از آداپتورهای پیوند دهنده برای ایجاد انتهای سازگار بین درج و بردار استفاده کرد. به عنوان مثال ، اگر ORF و بردار دارای سایت های آنزیم محدودیت های مختلف هستند ، می توان آداپتورهای پیوند دهنده را به گونه ای طراحی کردند که یک انتهای سازگار با ORF و انتهای دیگر سازگار با بردار باشد. این امر امکان بستن کارآمد درج را به وکتور می دهد ، حتی اگر اهداف طبیعی به طور مستقیم سازگار نباشند.

2. آداپتورهای بارکد برای چند برابر کردن

در صفحه های CRISPR در مقیاس بزرگ ، اغلب لازم است که نمونه ها یا کتابخانه های متعدد را چند برابر کنید. از آداپتورهای بارکد برای برچسب زدن هر قطعه DNA یا کتابخانه جداگانه با یک دنباله بارکد منحصر به فرد استفاده می شود. این بارکد ها امکان شناسایی و ردیابی هر نمونه در حین توالی و تجزیه و تحلیل داده ها را فراهم می کنند. به عنوان مثال ، در یک صفحه CRISPR مخلوط ، جمعیت سلول های مختلف یا شرایط آزمایشی را می توان با بارکد های مختلف برچسب گذاری کرد. پس از توالی ، از اطلاعات بارکد می توان برای تعیین اینکه کدام یک از آنها متعلق به کدام نمونه است استفاده شود ، و امکان مقایسه شرایط مختلف در یک توالی واحد را فراهم می کند.

3. آداپتورهای تقویت برای PCR

تقویت PCR یک گام مشترک در ساخت کتابخانه برای افزایش میزان DNA است. آداپتورهای تقویت شده برای آنیل در انتهای قطعات DNA طراحی شده و به عنوان آغازگرهای PCR عمل می کنند. این آداپتورها همچنین می توانند عناصر اضافی مانند توالی سایت های اتصال آغازگر یا شناسه های مولکولی منحصر به فرد (UMIS) را در خود جای دهند. UMI ها توالی های تصادفی هستند که در هنگام تهیه کتابخانه به هر مولکول DNA اضافه می شوند. از آنها می توان برای اصلاح خطاهای تقویت کننده PCR و خطاهای توالی استفاده کرد و دقت کمیت و تجزیه و تحلیل را بهبود بخشید.

پیشنهادات ما به عنوان تأمین کننده ORFS و آداپتورها

ما به عنوان تأمین کننده پیشرو در ORF و آداپتورها ، ما طیف گسترده ای از محصولات را برای پشتیبانی از ساخت و سازهای کتابخانه مبتنی بر CRISPR ارائه می دهیم. ORF های ما برای اطمینان از توالی های با کیفیت بالا و کامل با دقت و معتبر هستند. ما ORF را از گونه های مختلفی از جمله انسان ، موش و موش ارائه می دهیم و همچنین می توانیم بر اساس نیازهای خاص مشتری ، ORF های سنتز شده را ارائه دهیم.

آداپتورهای ما با دقت طراحی شده اند و در قالب های مختلف برای تأمین نیازهای متنوع ساخت و ساز کتابخانه در دسترس هستند. این که آیا شما برای کلونینگ ، آداپتورهای بارکد برای آداپتورهای بارکد یا آداپتورهای تقویت کننده برای PCR به آداپتورهای پیوند دهنده نیاز دارید ، راه حل مناسبی برای شما داریم.

ما همچنین ORF ها و آداپتورهای با کیفیت بالا را با عملکرد قابل اعتماد ارائه می دهیم. به عنوان مثال ، ماآداپتور هیدرولیک ORFS Union Arbow 90 درجهبه گونه ای طراحی شده است که یک اتصال ایمن و نشت در سیستم های هیدرولیک فراهم می کند ، که همچنین استعاره ای برای اتصال پایدار و قابل اعتماد در سازه های ژنتیکی است. ماآداپتور هیدرولیک آرنج قابل تنظیم 90 درجه قابل تنظیمانعطاف پذیری را در نصب ارائه می دهد ، مشابه انعطاف پذیری ما در سفارشی سازی محصولات خود برای متناسب با مجموعه های مختلف آزمایشی. و مااتصالات و آداپتورهای هیدرولیک Tee Run Run Run اجرابه دلیل عملکرد صاف خود شناخته شده اند ، دقیقاً همانطور که ORF ها و آداپتورهای ما فرآیندهای ساخت و ساز کتابخانه ای صاف و کارآمد را تضمین می کنند.

برای تهیه و همکاری با ما تماس بگیرید

اگر به پروژه های ساخت و ساز کتابخانه ای مبتنی بر CRISPR علاقه مند به ORF و آداپتورهای ما هستید ، ما از شما دعوت می کنیم تا برای تهیه و همکاری با ما تماس بگیرید. تیم متخصصان ما آماده هستند تا در انتخاب محصولات مناسب برای نیازهای خاص خود و ارائه پشتیبانی فنی در طی فرآیند تحقیق خود ، به شما کمک کنند. این که آیا شما یک آزمایشگاه آکادمیک کوچک هستید یا یک شرکت بزرگ دارویی ، ما متعهد هستیم که به شما در دستیابی به اهداف تحقیقاتی خود با محصولات با کیفیت بالا و خدمات عالی کمک کنیم.

منابع

1. Cong ، L. ، Ran ، FA ، Cox ، D. ، Lin ، S. ، Barretto ، R. ، Habib ، N. ،… و Zhang ، F. (2013). مهندسی ژنوم چندگانه با استفاده از سیستم های CRISPR/CAS. علوم ، 339 (6121) ، 819 - 823.
2. Shalem ، O. ، Sanjana ، NE ، & Zhang ، F. (2014). ژنومیک عملکردی با توان بالا با استفاده از CRISPR - CAS9. Nature Review Genetics ، 15 (8) ، 591 - 603.
3. Wang ، T. ، Wei ، JJ ، Sabatini ، DM ، & Lander ، ES (2014). صفحه های ژنتیکی در سلولهای انسانی با استفاده از سیستم CRISPR - CAS9. علوم ، 343 (6166) ، 80 - 84.